Bolivie

Tomb Raider: Legend commence en Bolivie, où Lara escalade seule les imposantes falaises si typiques du paysage sud-américain. Cette escapade lui apportera, elle l'espère, les réponses aux interrogations qui la poursuivent depuis si longtemps. Mais lorsqu'elle arrive enfin aux ruines de Tiwanaku, elle se retrouve face à face avec un certain nombre d'individus douteux, apparemment en quête, eux aussi, de quelque chose.

Pérou

Lara se rend à Paraiso, au Pérou, pour retrouver son amie Anaya, sur le site de la tragédie qu'elles ont connue jadis. Lara trouve de nouveaux éléments troublants dans ce site archéologique qu'elle a pourtant exploré des années auparavant. Mais ses nouvelles découvertes risquent de tomber entre les mauvaises mains : Lara doit donc à tout prix éviter que les mercenaires de Rutland ne la retrouvent...

Japon

Une étonnante découverte révèle à Lara qu'un artefact qu'elle cherchait depuis longtemps avait déjà été découvert et était exposé dans un musée japonais jusqu'à ce qu'il soit volé, peu de temps avant. Lara se rend alors à Tokyo où elle assiste à la soirée mondaine organisée par la société d'un vieil ami. Son véritable objectif est de rencontrer celui qui détient la relique volée, et de le convaincre, d'une façon ou d'une autre, de la lui donner.

Ghana

Zip piste Rutland jusqu'aux forêts tropicales du Ghana, et Lara s'y précipite aussitôt. Elle y découvre le plan de mystérieuses ruines, et apprend que ses parents ont exploré le site avant sa naissance. Rutland et ses mercenaires mettent l'endroit à sac, et Lara veut terminer la conversation qu'il a commencée en Bolivie, et avec un peu de chance trouver l'artefact avec lequel il l'a appâtée. Elle apprend que sa présence sur place est liée avant tout à ce mystère...

Kazakhstan

Alister obtient son moment de gloire en découvrant d'obscures références qui suggèrent que plus d'une réponse pourraient se trouver au Kazakhstan. Un laboratoire soviétique secret était consacré à des enquêtes sur le paranormal, durant la  Guerre Froide, et à en juger par la rapidité et la violence dans lesquelles le laboratoire fut fermé et étouffé par le KGB, il semble que les reliques découvertes étaient effectivement celles que Lara recherche. Mais Lara n'est pas la seule à savoir de quoi il retourne, et elle fonce vers ce qui pourrait devenir une réunion assez...  désagréable.